Κατά μία μεταγενέστερη παράδοση το νησί συνδέεται με τον ήρωα Μύκονο, γιο του βασιλιά της Δήλου Άνιου, που ήταν με τη σειρά του γιός του Απόλλωνα και της νύμφης Ροιούς- απογόνου του Διονύσου.

Κάρες και Φοίνικες λέγεται ότι ήταν οι πρώτοι κάτοικοι της Μυκόνου, αλλά οι Ίωνες από την Αθήνα εγκαταστάθηκαν και κυριάρχησαν εδώ γύρω στο 1000 π.Χ., εκδιώκοντας τους προηγούμενους. Αναφέρεται ότι στο νησί υπήρχαν δύο πόλεις. Στάθμευσαν ο Δάτις κι ο Αρταφέρνης το 490 π.Χ. κι ότι ήταν μάλλον φτωχό αν και γεωργικό.

Λατρεύονταν εδώ κυρίως ο Διόνυσος, η Δήμητρα, ο Δίας, ο Απόλλων, ο Ποσειδώνας κι ο Ηρακλής, ενώ πέρασε από τα χέρια των Ρωμαίων σ’ εκείνα των Βυζαντινών, οι οποίοι εκτέλεσαν και έργα για την άμυνα, κατά των Αράβων πειρατών, τον 7ο αιώνα και κράτησαν το νησί μέχρι το τέλος του 12ου αιώνα.

Μετά τη θλιβερή κατάληξη της Δ΄ Σταυροφορίας σε βάρος του Βυζαντίου το 1204, το νησί παραχωρείται στους Ανδρέα και Ιερεμία Γκίζι (συγγενείς του Δόγη Δάνδολου), το 1292 φαίνεται να λεηλατείται από Καταλανούς και αφήνεται πάλι στον άμεσο έλεγχο των Βενετών από τον θνήσκοντα τελευταίο Γκίζι, το 1930. Έκτοτε, απετέλεσε ενιαία ενετική εδαφική κτήση με την Τήνο.

Κατά τη διάρκεια της επικυριαρχίας των Βενετών, καταστρέφεται από το Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσσα, ναύαρχο του Σουλεϊμάν του Μεγαλοπρεπούς, στα 1537. Επί Οθωμανών, υπάγεται στη δικαιοδοσία του αρχηγού του Οθωμανικού στόλου, του Καπουδάν Πασά και σχεδόν αυτοδιοικείται κατά το σύστημα της εποχής, έχοντας βοεβόδα και επιτρόπους, που προσπαθούν όπως μπορούν να κρατήσουν ίσες αποστάσεις από Τούρκους και Βενετούς (οι τελευταίοι αποσύρονται οριστικά από την περιοχή με την παράδοση της Τήνου στους Οθωμανούς, το 1718).

Πληθυσμός

Ο πληθυσμός της Μυκόνου (που κυμαίνεται κατά κανόνα τη νεώτερη περίοδο ανάμεσα στις 2.000 και τις 5.000 ψυχές) ενισχύθηκε, περισσότερες από μία φορές από πάροικους (από την Κρήτη ή τα κοντινότερα νησιά Νάξο, Φολέγανδρο, Σίκινο, Κίμωλο κ.λπ.), ύστερα από λιμούς και επιδημίες, ακολουθήματα των συχνών πολέμων, μέχρι τα τέλη του 18ου – αρχές του 19ου αιώνα. Το νησί, λόγω γεωγραφικής θέσεως, αναδεικνύεται σε σημαντικό σταθμό ανεφοδιασμού για τα ξένα εμπορικά πλοία.

Οι Μυκονιάτες την ίδια περίοδο, θεωρούμενοι καλοί ναυτικοί, επιδόθηκαν βαθμιαία με επιτυχία στη ναυτιλία και το εμπόριο, έχοντας δοκιμαστεί προηγουμένως κατάλληλα και στην πειρατεία. Πολλοί συμμετείχαν ενεργά στην εξέγερση των νησιών, γνωστή ως ‘Ορλωφικά’ (1770 – 74), που κατέληξε ευτυχώς σε όφελος της Αικατερίνης Β΄ της Ρωσσίας αλλά και των νησιωτών, μετά τις ευνοϊκές για το ελληνικό εμπόριο συνθήκες που διαμορφώθηκαν την αμέσως επόμενη περίοδο.

Κατά την Επανάσταση του 1821, οι Μυκονιάτες οδηγημένοι από την ηρωίδα του νησιού Μαντώ Μαυρογένους (γόνο ισχυρής αριστοκρατικής οικογένειας και μεγαλωμένη στην Τεργέστη με τις ιδέες του Διαφωτισμού), αποκρούουν με ζήλο μιά επίθεση μοίρας του Τουρκικού στόλου (1822) και συμμετέχουν στον απελευθερωτικό αγώνα με τέσσερα εξοπλισμένα πλοία (εξ ών τα δύο ανέλαβε να συντηρεί με ίδια έξοδα η Μαντώ, εξανεμίζοντας μιά σημαντική πατρογονική περιουσία).

Το σύγχρονο ελληνικό κράτος

Με το νέο ελληνικό κράτος, η Μύκονος βλέπει να αναγεννιέται μία δυναμική αστική και μικροαστική τάξη, που καλλιεργεί ιδιαίτερα τους δεσμούς της με τη νότια Ρωσσία (Οδησσός, πόλεις της Κριμαίας), την Ιταλία (Λιβόρνο) και τη Γαλλία (Μασσαλία), αλλά και με την Αλεξάνδρεια, τη Σμύρνη και την Κωνσταντινούπολη, την ανερχόμενη Σύρο…

Η πλήρης επικράτηση όμως της τεχνολογίας του ατμού (προς τα τέλη του 19ου αι.) και η διάνοιξη της Διώρυγας της Κορίνθου (1904) της αφαίρεσαν πολλή από τη δύναμή της ώστε, όλο και περισσότεροι Μυκονιάτες ξενιτεύονταν σε αναζήτηση καλύτερης τύχης, κάποιοι στο εξωτερικό (Ρωσσία μέχρι τον 1ο Παγκόσμιο πόλεμο, ύστερα Η.Π.Α.) και περισσότεροι στα νέα αστικά κέντρα του εσωτερικού (Πειραιάς, Αθήνα). Δημογραφική ανάκαμψη θα παρατηρηθεί πάλι, μόνο αφού έλθει να δώσει απάντηση ο Τουρισμός (πρώτα οικονομικά ‘σκιρτήματα’ τη δεκαετία του ’30), λίγες δεκαετίες αργότερα.

Οι αρχαιολογικές ανασκαφές που είχε ξεκινήσει, από το 1873, στη Δήλο η Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή της Αθήνας, είχαν πράγματι καθιερώσει από πολύ νωρίς την περιοχή στη συνείδηση της “ελίτ” εκείνης που είχε την άνεση και την επιθυμία να ταξιδέψει στην Ελλάδα.

Ήδη, από το 1930 αρκετοί διάσημοι επισκέπτονταν το νησί και ανακάλυπταν μαζί με τις εντυπωσιακές αρχαιότητες της Δήλου, τις δικές του σπάνιες χάρες. Με την αλματώδη ανάπτυξη της βιομηχανίας του Τουρισμού στη νότια Ευρώπη μεταπολεμικά, η Μύκονος αφομοιώνει αρκετά καλά τα νέα δεδομένα και, με την εργατικότητα, το αμίμητο “στυλ” και την επιχειρηματική αντίληψη των ανθρώπων της, διεκδικεί μια από τις πιο αξιοζήλευτες θέσεις στη διεθνή τουριστική αγορά.